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單細胞測序分析試學視頻(GEO數據庫/scRNA-seq/PCA/

時間:2019-06-20 14:28來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
單細胞測序數據挖掘視頻(GEO數據庫/scRNA-seq/PCA/ tSNE)

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《單細胞測序數據挖掘》

單細胞測序
單細胞測序是指在單個細胞水平上進行測序。單細胞轉錄組測序(single cell RNA ,scRNA-seq)是指對于單個細胞水平上將mRNA反轉錄擴增后進行高通量測序的技術。
單細胞測序通過在單個細胞水平上進行測序,解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題,為科學家研究單個細胞的行為、機制等提供了新的方向。
課程主要內容:
簡介
數據下載
數據整理
質控和數據過濾
PCA分析
TSNE分析
Marker基因
注釋細胞類型
細胞軌跡分析
GO富集分析和圈圖
KEGG富集分析和圈圖

單細胞基因組測序主要包括四個步驟:單細胞分離——擴增——高通量測序——數據分析。
單細胞測序的優勢:
目前常規的測序主要是數百萬甚至更多細胞的混合DNA樣本。這種方法能夠得到基因表達信息,但是對其進行研究得到的結果只是一群細胞中信號的平均值,或者只代表其中占優勢數量的細胞信息,單個細胞獨有的特性被忽視。
單細胞RNA-seq能夠獨立地提供每個細胞的RNA表達譜,并鑒定異質細胞群中的稀有細胞。盡管腫瘤異質性可歸因于積累突變,但即使是遺傳上相同的細胞在相同環境下也可能表現出基因和蛋白表達水平的差異,單細胞RNA-seq就能夠發現這些稀有個體,比如在腫瘤組織中,腫塊中心的細胞,腫塊周圍的細胞,淋巴轉移灶的細胞,以及遠端轉移的細胞,其基因組和轉錄組等遺傳信息,是存在差異的。





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責任編輯:樂偉
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