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TCGA腫瘤免疫細胞浸潤模式挖掘試學課程

時間:2019-07-31 09:25來源:原創 作者:biowolf.cn 點擊:
適用人群 生物信息學學員,高校生物、計算機相關專業教師、學生,醫學科研人員,醫院從業人員,生物專業相關從業人員 課程概述 課程內容:腫瘤免疫浸潤簡介,TCGA數據下載,數據

適用人群
生物信息學學員,高校生物、計算機相關專業教師、學生,醫學科研人員,醫院從業人員,生物專業相關從業人員
課程概述
課程內容:腫瘤免疫浸潤簡介,TCGA數據下載,數據整理,提取mRNA,數據矯正,CIBERSORT運行,CIBERSORT結果整理,柱狀圖繪制,熱圖繪制,相關性熱圖繪制,小提琴圖繪制,臨床數據下載,臨床數據整理,免疫細胞矩陣和生存時間合并,免疫細胞批量化生存分析,免疫細胞矩陣和臨床性狀合并,批量臨床相關性分析,批量臨床相關性。
腫瘤免疫細胞浸潤是指免疫細胞從血液中移向腫瘤組織,開始發揮它的作用,可以從腫瘤組織中分離出的浸潤免疫細胞。
腫瘤中免疫細胞的浸潤與臨床結果密切相關,腫瘤中浸潤的免疫細胞最有可能作為藥物靶標來提高患者的生存率。
CIBERSORT,是由Binder G等開發的反卷積算法,可以基于標準化的基因表達數據來計算復雜組織的細胞組成,改方法能量化特定細胞類型的豐度。通過流式細胞分選術很好地驗證并成功評估了乳腺癌及肝癌組織中免疫細胞的組成。
本課程是生物信息學專業課程,需要用到一些專業術語,遇到不明白的可以提問或者直接檢索。
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責任編輯:樂偉
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