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生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

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  • [GEO] 芯片和測序的區別(二代測序和表達譜芯片) 日期:2019-08-23 10:03:07 點擊:2146 好評:2

    高通量測序和芯片對于大部分的研究者而言,已成為分子生物學實驗的常規手段。(這里的測序和芯片,指的是較為成熟的二代測序和表達譜芯片。)...

  • [GEO] 課程指南系列之GEO數據庫挖掘 日期:2019-08-08 15:38:18 點擊:4393 好評:2

    對于腫瘤分析當道的今天,非腫瘤分析的科研人員,如何做自己的生信分析呢?GEO數據無疑是一個最佳選擇,芯片量大,數據獲取簡單,分析方法成熟便捷,都是GEO持續火熱的理由。...

  • [GEO] GSEA富集分析 日期:2019-07-31 11:19:41 點擊:2765 好評:12

    GSEA富集分析是芯片分析一項重要的分析內容...

  • [GEO] 如何結合GEO和TCGA快速發文癌癥甲基化 日期:2019-07-31 11:04:27 點擊:3260 好評:20

    GEO數據庫結合TCGA數據庫,甲基化快速發文,看看SCI是如何操作發文的...

  • [GEO] 多個GEO數據聯合分析 日期:2019-07-31 10:44:31 點擊:3850 好評:5

    上次推文Cox風險模型之后,有很多學員問到ceRNA、多個GEO數據聯合TCGA分析、甲基化與基因聯合分析的分析思路,我們在之前發文的基礎上,給大家總結思路,希望對大家有幫助,當然最...

  • [GEO] 甲基化數據也能做免疫細胞浸潤模式了 日期:2019-07-30 11:42:14 點擊:1934 好評:2

    號外號外,甲基化芯片數據也能分析免疫浸潤模式了。 您在分析甲基化芯片數據的時候,是否覺得寫文章圖表太少,是否覺得新意還不夠,那我們生信自學網的這個文章您值得一看了。...

  • [GEO] 單細胞測序scRNA-seq數據下載【生信分析】 日期:2019-07-30 07:20:34 點擊:5793 好評:10

    如何從GEO數據庫下載單細胞測序數據,單細胞測序數據也可以做生信分析,如果你有單細胞測序的實驗數據,整理好矩陣,也可以自己分析,方法,方法很重要。...

  • [GEO] 單細胞測序數據整理PCA TSNE聚類得到marker基因 日期:2019-07-30 07:19:38 點擊:4545 好評:2

    前面我們給大家介紹了如何從GEO數據庫下載單細胞測序(scRNA)的數據,接下來,生信自學網給大家簡單重現一下數據整理以及后續的分析....

  • [GEO] 單細胞測序技術發展|原理|應用 日期:2019-07-30 07:17:07 點擊:5901 好評:4

    近幾年來,單細胞測序技術發展迅速,與傳統測序方法相比起來,其對解決生物材料的低獲取量和生物異質性等問題尤為重要。憑借這一技術,研究者們可在單細胞水平上面研究生物進...

  • [GEO] 快速解決GEO芯片樣本少的問題 日期:2018-03-11 08:52:58 點擊:1315 好評:2

    做GEO數據分析的時候,你是否因為樣本量太少苦惱呢? 做共表達網絡的時候,是否因為樣品少圖形看起來很low呢? 學員反映的這些問題,我們老師很快給出了明確回復。...

  • [GEO] GEO芯片分析思路探討 日期:2017-08-15 07:26:34 點擊:5259 好評:18

    利用R軟件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R軟件包進行數據挖掘及生物信息學分析。DAVID在線工具做GO功能分析,在GeneMANIA數據庫做進一步研究。...

  • [GEO] Ensembl Gene ID轉換成gene symbol ID 日期:2017-07-21 02:18:40 點擊:4258 好評:8

    基因ID種類很多,很多時候數據庫下載的基因ID并不是symbol ID,那么就需要做個轉換,當然不采用手工這種模式,需要使用程序自動轉換,一個矩陣就有4-6萬行記錄。...

  • [GEO] NCBI表達譜芯片常用研究方法 日期:2017-06-09 10:01:03 點擊:1243 好評:6

    NCBI數據庫可以下載大部分GEO表達譜芯片數據,一個簡單實用的研究思路非常重要,安裝可操作的思路,結合自己的研究方向,可以得到不錯的分析結果。...

  • [GEO] NCBI數據庫GEO芯片檢索和下載 日期:2017-06-05 14:21:15 點擊:4291 好評:30

    這節課給大家講解如何從NCBI數據庫檢索GEO芯片,下載矩陣文件,用來做GEO芯片的差異分析。...

  • [GEO] Targetscan預測miRNA靶基因 日期:2017-06-05 14:12:48 點擊:10356 好評:12

    miRNA靶基因預測的工具非常多,如果使用單個預測工具,得到的靶基因數目非常多,這是需要利用做交集的辦法,減少miRNA靶基因數據,得到更加準確的靶基因,使用的方法就是多個預測工具分...

  • [GEO] GEO表達譜芯片多個聯合分析 日期:2017-06-05 14:08:48 點擊:5013 好評:12

    GEO表達譜芯片分析的技術非常成熟,發表的相關論文也非常多,如果需要深入研究GEO表達譜芯片,多芯片聯合分析提供了很好的思路,這樣得到的差異基因,更加具有說服力;同時可以聯合TC...

  • [GEO] 提取GEO表達譜芯片的數據矩陣 日期:2017-06-05 13:51:22 點擊:4431 好評:28

    之前的課程我們講解了如何從GEO數據庫檢索芯片數據,這節課給大家講解如何從下載的數據中提取需要的矩陣文件。 下載的數據是壓縮包格式,首先解壓,得到soft文件,然后用UI文本編...

  • [GEO] GEO表達譜芯片做差異分析 日期:2017-06-05 13:50:34 點擊:2962 好評:12

    從GEO數據庫下載得到表達譜的矩陣文件,利用R軟件做差異分析,這里用到的R包是limma.R,可以得到差異基因,差異基因上調、下調,歸一化處理,熱圖,火山圖。...

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