知識的價值不在于占有,而在于使用。

生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

當前位置: 主頁 > GEO >

Targetscan預測miRNA靶基因

時間:2017-06-05 14:12來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
miRNA靶基因預測的工具非常多,如果使用單個預測工具,得到的靶基因數目非常多,這是需要利用做交集的辦法,減少miRNA靶基因數據,得到更加準確的靶基因,使用的方法就是多個預測工具分
miRNA:hsa-miR-486-5p
在線工具:miRDB、Targetscan、TangetMiner
實驗方法:
1、分別在miRDB、Targetscan、TangetMiner三大在線工具預測hsa-miR-486-5p靶基因,下載相關靶基因
Targetscan在線工具界面
圖1 Targetscan在線預測界面
miRDB預測工具界面
圖2 miRDB在線預測界面
TargetMiner在線預測
圖3 TargetMiner在線預測界面
2、三大在線工具預測的靶基因,做交集處理,得到相對可靠的miRNA靶基因
3、miRNA靶基因做GO功能分析
實驗數據:
1、miRDB得到496個miRNA靶基因
   Targetscan得到35個miRNA靶基因
   TangetMiner得到2091個miRNA靶基因
2、三個在線工具預測結果做交集的,得到miRNA靶基因
交集基因
3、韋恩圖
miRNA靶基因韋恩圖


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
加生信自學課堂
BioWolf二維碼生成器
頂一下
(13)
81.3%
踩一下
(3)
18.7%
------分隔線----------------------------
發表評論
請自覺遵守互聯網相關的政策法規,嚴禁發布色情、暴力、反動的言論。
評價:
表情:
用戶名: 驗證碼:點擊我更換圖片
GEO芯片數據庫挖掘生信視頻教程
推薦內容
TCGA數據庫挖掘文章套路生信視頻教程
中藥復方網絡藥理學文章套路生信視頻教程