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GEO數據庫腫瘤微環境分析簡介

時間:2019-11-24 11:40來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
GEO數據庫芯片腫瘤微環境分析簡介
腫瘤微環境分析
從GEO數據下載和整理數據,然后用腫瘤微環境預測軟件整理得到免疫評分和基因評分,根據免疫評分和基因評分,把樣本進行分組,分別做基質細胞分組差異分析和免疫細胞分組差異分析,兩種方法分別得到差異基因,這些差異基因做交集,得到最終的差異基因,用于做后續常見分析。
腫瘤微環境概念:
腫瘤微環境是腫瘤細胞所處的細胞環境,其組成包括細胞外基質、可溶性分子和腫瘤基質細胞。腫瘤微環境一旦形成,眾多免疫細胞,如T細胞、髓源抑制性細胞,巨噬細胞等,都被趨化至此,構成腫瘤的微環境。

在腫瘤微環境中,免疫細胞和基質細胞是兩種主要類型的非腫瘤組分,并且已被提出對于腫瘤的診斷和預后評估是有價值的。
腫瘤微環境預測軟件:

ESTIMATE(Estimation of STormal and Immune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data)is a tool for predicting tumor purity , and the presence of infiltrating atromal/immune cells in tumor tissues using gene expression data . ESTIMATE algorithm is based on single sample Gene Set Enrichment Analysis and generates three scores:
1、Stromal score ( that captures the presence of stroma in tumor tissue ) .
基質細胞評分:評分越高,腫瘤微環境中基質細胞含量越高
2、Immune score (that represents the infiltration of immune cells in tumor tissue ) .
免疫細胞評分:評分越高,腫瘤微環境中免疫細胞含量越高
3、Estimate score (that infers tumor purity) .
綜合評分:評分越高,說明腫瘤微環境中基質細胞和免疫細胞含量越高,腫瘤細胞含量越低,那么可以根據綜合評分來推斷微環境中腫瘤細胞純度。
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責任編輯:樂偉
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