1.     進入官網下載GSEA，可以下載下載桌面板，也可以用java版更小更方便啦。
http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp

2、把下載的GSEA安裝號，就進入軟件的界面。

3、準備文件。
一定要看清我文件后綴

a. 第一個文件在官網網站下載，也可不下。

b. 第二個文件是差異分析的基因，格式如下。

#1.2照寫

19668是分析的差異基因總數，611是樣本總數

Description是對gene的描述，因為有的學員拿回來的gene是探針名，這時候就可以在第二列寫你的gene symbol，我因為去掉了探針名，所以就寫的NA嘍，GSEA格式就是這么要求的。
c. 第三個文件格式如下：

611是樣本數，2是分組，1是啥我也不知道，嘿嘿。

第2行是組名，我做的腫瘤就分為normal和tumor,可以自行更換。

第三行是樣本名，每一個樣本在什么組，有多少就寫多少，我寫了611個。

4、進入GSEA。

將文件全部導入，有錯誤這一步就會報錯，根據提示修改即可。

5、點擊Run GSEA.

第一個選項是基因表達矩陣文件。

第二個就是官網下載的文件，這里看個人喜好，可以做KEGG,GO什么的，也可以在這里下載其他的功能注釋數據庫。
第三個就是自己選了，normal可在前在后。
6、探針轉換基因名，我自帶名稱，選擇的否。
如果選擇True,下面的platform就要選一個注釋的數據庫，一般好像選第一個好像，我沒試過，小伙伴們可以多嘗試幾個數據庫。
7、 運行得到的結果。