1. 進入官網下載GSEA,可以下載下載桌面板,也可以用java版更小更方便啦。 http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp ![]() 2、把下載的GSEA安裝號,就進入軟件的界面。 ![]()
3、準備文件。 a. 第一個文件在官網網站下載,也可不下。 b. 第二個文件是差異分析的基因,格式如下。 #1.2照寫 19668是分析的差異基因總數,611是樣本總數
Description是對gene的描述,因為有的學員拿回來的gene是探針名,這時候就可以在第二列寫你的gene symbol,我因為去掉了探針名,所以就寫的NA嘍,GSEA格式就是這么要求的。 611是樣本數,2是分組,1是啥我也不知道,嘿嘿。 第2行是組名,我做的腫瘤就分為normal和tumor,可以自行更換。
第三行是樣本名,每一個樣本在什么組,有多少就寫多少,我寫了611個。 4、進入GSEA。 將文件全部導入,有錯誤這一步就會報錯,根據提示修改即可。 5、點擊Run GSEA. 第一個選項是基因表達矩陣文件。
第二個就是官網下載的文件,這里看個人喜好,可以做KEGG,GO什么的,也可以在這里下載其他的功能注釋數據庫。 責任編輯:樂偉 作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載! ![]() |