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生信為什么要學習R

時間:2019-07-29 23:12來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
R在生信繪圖應用非常強大,也是最流行的生信繪圖軟件,配合perl軟件,成為生信分析的兩大利器。
一、什么是R語言? 
R語言誕生于上世紀80年代,其前身是S語言,由于S語言是收費的商業軟件,新西蘭奧克蘭大學的Robert Gentleman和Ross Ihaka及其他志愿人員就基于S語言開發了一個R語言。R是屬于GNU系統的一個自由、免費、源代碼開放的軟件,它是一個用于統計計算和統計制圖的優秀工具。

二、為什么要學R語言?
可能很多同學已經聽說過R語言,也知道R語言的一些優勢,但是絕大多數人可能還不確定R語言值不值得去學習,沒辦法下定決心去花費時間和精力。那么在這里,我就跟大家談談心,我們為什么要學習R語言,學習R語言到底值不值。我用三個“極其”來進行概括。

1、R語言極其適合統計分析
統計,但凡做科研的,可能都會用到。平時我們都用SPSS、SAS,高級一點的用Matlab,簡單一點的用GraphPad,甚至Excel。我可以這樣說,這里所有的統計軟件都是商業化的付費軟件,唯獨R語言不是。就從這點上,R語言就已經略勝一籌了。
從使用上來講,所有的統計分析,包括簡單的t檢驗、單因素/多因素方差分析、線性回歸、生存分析等,到復雜的機器學習、神經網絡、圖像識別,R語言處理起來都是得心應手,其功能遠遠優于SPSS/SAS等一眾統計軟件。一句話:只有你想不到,沒有R語言做不到的。

2、R語言極其優秀的繪圖功能
R語言中擁有諸多的繪圖系統,例如base、lattice、grid、ggplot等。這些繪圖系統各有各的特點,比如grid作圖系統非常靈活多變,ggplot作圖系統畫的圖非常優雅美觀。有人會說,那GraphPad用起來也挺好的呀,作圖也挺方便的。不好意思,跟R語言比起來,GraphPad連渣渣都算不上。不信,看看下面的圖,GraphPad能做嗎?
可以這樣確切的說,大家在文獻中看到的任何一種圖,不管多么復雜高端,用R語言都可以做出來。另外,R語言還支持多種圖形輸出,最關鍵的就是非常優秀的矢量圖輸出哦。

3、R語言極其全面的擴展功能
說到R語言的強大功能,最離不開的就是R語言數以萬計的“插件”,也就是R包(R packages)。前面我們提到R語言一個非常重要的特點:免費開源。在程序員的世界中,凡是開源的東西,都有一個特點,那就是擴展功能全面且更新迭代迅速。先說說什么是R包:“包”就是“打包”的意思,顧名思義,就是把特定的函數和數據封裝起來,做成一個“插件”。
不同的R包可以幫我們實現不同的功能,例如:我想做生存分析,就用survival包;想做RNASeq,就用DESeq2包;想做Meta分析,就用rmeta包等等。目前,在R語言的倉庫CRAN中,共有14500多個R包,這還不包括在其他倉庫,例如Github和Bioconductor等??偠灾?,基本上你想做的任何一件事情,都有R包幫你實現。

當然,R語言還有很多其他的優勢,從TIOBE世界編程語言排行榜的排名中可以看出,R語言的排名日漸升高,受到越來越多程序員的追捧,足以說明它的實力。而且,現在很多的高校也開始專門開R語言的課程以取代以往SPSS的課程,這也是我們推出這門系列教程的初衷。

三、R語言好學嗎?
前面說了那么多,可能已經燃起了大家對R語言的學習興趣。那么,隨之而來的問題就是:R語言容易學嗎?我們需要花費多少的時間進行學習?在這里,我可以很坦白的告訴大家:R語言是一門編程語言,不是簡單的操作軟件,所以,R語言的入門并不簡單。但是,別灰心,我的話還沒說完:R語言繪圖入門不難。

當你搞懂了常用的數據類型、函數、循環與判斷、包等幾個概念之后,你發現,R語言也就這些東西了。它不像java或者C/C++,學習道路異常的漫長,太多的概念和框架需要學習。R語言有些概念不同于常規的編程語言,所以入門稍微有點燒腦,但是入了門之后,你會發現,你需要學習的東西就那么一點,任何一個R代碼拿過來一看就懂。

所以,如果你有充足的時間,一個月就足以掌握R語言常用生信繪圖,《R生信高級繪圖課程》應運而生。我們按照由易到難、由淺入深的原則,給大家安排了很多實用的內容,幫助大家掌握常見的生信R繪圖。
生信自學網為大家推薦生信編程課程:
《生信R繪圖教程》
《生信分析perl語言應用》



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