在線工具一般具有“功能強大、操作簡單、無需安裝、用完就走”的特點,因此深受科研人員的喜愛。生信自學網在這里做個簡單的整理。 RNA二級結構 1、Mfold 工具鏈接: http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold ![]() 2、RNAfold 工具鏈接: http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi ![]() 3、蛋白互作網絡 String 工具鏈接: https://string-db.org/ ![]() 學習PPI網絡構建,可以學習生信自學網專利課程: 《蛋白互作和共表達網絡構建》 4、基因共表達網絡 Coexpedia 工具鏈接: http://www.coexpedia.org/ ![]() 5、序列Motif MEME 工具鏈接: http://meme-suite.org/ ![]() 6、Weblogo 工具鏈接: http://weblogo.threeplusone.com/ ![]() 7、基因信息查找 Genecard 工具鏈接: http://www.genecards.org ![]() 8、序列展示 ESPript 工具鏈接: http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi ![]() 9、Gene ID轉化 BioMart 工具鏈接: http://www.ensembl.org/index.html ![]() TCGA數據庫用的是ensembl ID,在分析的時候需要轉換為GENE symobl,可以學習生信自學網的課程: 《TCGA基礎課程差異分析生存分析》 10、g:profiler 工具鏈接: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert ![]() 11、韋恩圖 Venny2.0 工具鏈接: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html ![]() 12、OmicShare 韋恩圖工具 工具鏈接: http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn ![]() 13、三元圖 Ternary plot maker 工具鏈接: https://www.ternaryplot.com/ ![]() 14、基因結構分析 FGENES 工具鏈接: http://softberry.com/ 范例結果: ![]() ![]() 15、系統發育分析 iTOL 工具鏈接: https://itol.embl.de/ ![]() 16Evolview 工具鏈接: http://www.evolgenius.info/evolview/ ![]() 17、啟動子預測 Promoter Scan 工具鏈接: http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ ![]() 18、蛋白一級結構預測 PredictProte 工具鏈接: https://www.predictprotein.org/home ![]() 19、ProtParam tool 工具鏈接: http://web.expasy.org/protparam/ ![]() 20、信號肽預測 SignalP 工具鏈接: http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ ![]() 21、跨膜結構域 TMHMM Server v. 2.0 工具鏈接: http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ ![]() ![]() 22、亞細胞定位 PSORT 工具鏈接: https://www.psort.org/ ![]() 23、蛋白三級結構預測 SWISS-MODEL 工具鏈接: https://swissmodel.expasy.org/ ![]() 24、Phyre2 工具鏈接: http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index ![]() 25、短序列拼接 Cap3 工具鏈接: http://doua.prabi.fr/software/cap3 ![]() 26 、GO富集分析 OmicShare GO富集分析工具 工具鏈接: http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html ![]() 27、KEGG富集分析 OmicShare KEGG富集分析工具 工具鏈接: http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html ![]() 28、趨勢分析 OmicShare 趨勢分析工具 工具鏈接: http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend ![]() 29、蛋白結構域預測 Pfam 工具鏈接: http://pfam.xfam.org/search ![]() 30、基因組雜合性評估 GenomeScope 工具鏈接: http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2 ![]() 31、圈圖 CIRCOS 工具鏈接: http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ ![]() 生信自學網推薦精品課程: 《單基因挖掘套路基于TCGA數據庫》 《TCGA腫瘤突變負荷》 《GTEx數據庫聯合TCGA數據庫挖掘》 《中藥復方網絡藥理學》 責任編輯:樂偉 作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載! ![]() |