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TCGA數據庫可變剪切數據挖掘簡介

時間:2019-07-10 14:20來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
可變剪切(alternative splicing,AS),也叫做選擇性剪切,指的是再mRAN前體到成熟mRNA的過程當中,不同的剪切方式使得同一個基因可以產生多個不同的成熟mRNA,最終產生不同的蛋白質。
可變剪切(alternative splicing,AS),也叫做選擇性剪切,指的是再mRAN前體到成熟mRNA的過程當中,不同的剪切方式使得同一個基因可以產生多個不同的成熟mRNA,最終產生不同的蛋白質。

可變剪切是調節基因表達和產生蛋白質多樣性的重要機制,是導致真核生物基因和蛋白質數據較大差異的重要原因。
可變剪切再腫瘤中經常發生,與腫瘤發生發展密切相關。研究發現可變剪切影響了那些在腫瘤中經常發生突變的蛋白基因家族,改變了腫瘤相關信號通路中的蛋白-蛋白相互作用,說明可變剪切也是驅動腫瘤發生的一種重要原因。

可變剪切事件
七個可變剪切事件
1、可變受體位點(AA):3'端是可變的
2、可變供體位點(AD):供體端是可變的
3、可變啟動子(AP):
4、可變終止子(AT):
5、外顯子跳躍(ES):最常見的可變剪切形式,
6、外顯子互斥(ME):
7、內含子保留(RI):

可以根據可變剪切時間構建模型
7個可變剪切分別構建模型,7個一起構建模型,總共可以構建八個模型

可變剪切PSI值
PSI(Percent-spliced-in,拼接百分比)可以針對isoform,exon,ASE進行計算,對于ASE來說,PSI=splice_in/(splice_in+splice_out),在RNA-seq數據中splice_in和splice_out分別是支持splice_in和splice_out發生的reads的數目。

剪接因子
SF(剪接因子,splicing factor)參與RNA前體剪切過程的蛋白質因子。根據其功能作用,可以分為核小核糖核蛋白顆粒(snRNP)蛋白因子和非snRNP蛋白因子。
剪接因子表達異常導致基因的可變剪切發生改變,在腫瘤中,剪接因子表達異??赡軙鹛囟ù侔┘羟挟悩嬻w的形成,從而導致癌癥的發生。

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責任編輯:樂偉
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