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還在傻傻的說TCGA沒有癌旁?GTEx來助力

時間:2019-06-14 13:52來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
你是否遇到這樣的問題,TCGA癌旁太少甚至沒有,做免疫做到后面癌旁樣本只剩下5個一下的個位數,審稿人冷不丁的來一句這么少的癌旁有沒有意義?那么有了GTEx數據庫,有正常樣品助
還在傻傻的說TCGA沒有癌旁?
GETx數據庫31個部位的表達數據來助力
你是否遇到這樣的問題,TCGA癌旁太少甚至沒有,做免疫做到后面癌旁樣本只剩下5個一下的個位數,審稿人冷不丁的來一句這么少的癌旁有沒有意義?那么有了GTEx數據庫,有正常樣品助力,這些都不再是問題。
我要先了解GTEx數據庫:看簡介
GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-組織表達)數據庫,研究從來自449名生前健康的人類捐獻者的7000多份尸檢樣本,涵蓋44個組織(42種不同的組織類型),包括31個實體器官組織、10個鬧分區、全血、2個來自捐獻者血液和皮膚的細胞系,GTEx對幾乎所有轉錄基因的基因表達模式進行了觀察,從而能夠確定基因組中影響基因表達的特定區域。


GETx數據庫這么強大,我也想試試。當然可以,我們給大家錄制了《GTEx數據庫聯合TCGA做分析》的課程,進入了解課程,里面還有試學課程哦。
有學員再問,GTEx數據庫的數據有什么用呢?最大的用途就是補充TCGA癌旁不足,如果可以達到這個目的,那么后面可做的分析就太多了,基本我們之前每一個套路都可以再來一遍,而且還不用擔心重復,因為現在做聯合分析的確實不多,腦洞打開的學員已經想到了,是先聯合呢,還是先分離mRNA、lncRNA呢?看到要分離mRNA和lncRNA了,就知道這學員要做ceRNA網絡構建了,這可是2017-2018年的絕對熱門。對了,還有學員已經想到,免疫浸潤套路,m6A套路,單基因挖掘,可以做的分析真是太多了,當然需要大家有一個清晰的思路,和對我們課程的精通。

看了這么多,我還是先學習《GTEx數據庫聯合TCGA做分析》的課程吧。
如果還覺得沒底,我只想要一份整理好的正常人數據,拿來看看,然后自己試試?可以,我們整理了里面31個部位的表達矩陣(整理好的數據是處理過的:log2(X+1)
請聯系微信:18520221056

生信自學網推薦:
《GTEx聯合TCGA數據庫挖掘》
《TCGA腫瘤免疫細胞浸潤模式》
《TCGA腫瘤微環境》
《單基因挖掘套路基于TCGA數據庫》



責任編輯:樂偉
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