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可變剪切挖掘生信文章解讀

時間:2019-07-29 22:59來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
【可變剪切文獻解讀】Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer
可變剪切挖掘生信文章解讀
文獻:Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer

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背景:新的證據表明異常選擇性剪接(AS)是癌癥發展和進展中普遍存在的事件。然而,與結直腸癌發生和進展有關的異常剪接事件的信息仍然不清楚。

材料與方法:本研究從腫瘤基因組圖譜(TCGA)中獲取499例結腸癌(COAD)和176例直腸腺癌(READ)的臨床病理信息,探討選擇性剪接事件與癌變的關系。結直腸癌(CRC)的發生和預后。利用多種生物信息學工具進行了基因相互作用網絡構建、功能和途徑富集分析。

結果
:總的來說,大多數AS模式在結直腸癌組織中比相鄰正常組織更活躍。我們共檢測了35391例COAD中9084個基因的事件和34900例READ中9032個基因的事件,其中一些基因在癌組織和正常組織之間存在差異拼接,包括SULT1A2, CALD1, DTNA, COL12A1 和 TTLL12基因。在肌肉器官發育、細胞骨架組織、肌動蛋白細胞骨架組織、生物黏附和細胞黏附等生物學過程中,差異剪接基因豐富。Coad綜合預測模型的AUC為0.805(敏感性:0.734;特異性:0.756),而Read預測模型的AUC為0.738(敏感性:0.614;特異性:0.900)。此外,還發現了一些與事件相關的預后,包括PSMD2, NOL8, ALDH4A1, SLC10A7 和 PPAT基因。

結論:我們總結了選擇性剪接在結直腸癌發生和預后中的作用。構建了相互作用網絡和功能連接,闡明了CRC選擇性剪接的基本機制。
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Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer文章分析步驟:
Step1:對COAD和READ的可變剪切事件進行了統計,總結各可變剪切類型所發生的次數,以及對應的基因數,采用UpSet圖進行展示。

Step2:識別差異可變剪切事件,并對其中部分基因構建基因互作網絡


Step3:可變剪切基因進行GO和KEGG富集分析

Step4:評估可變剪切事件預測CRC發生的能力

Step5:多cox回歸分析識別預后因子,并對其中顯著相關的預后因子進行分析。

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責任編輯:樂偉
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