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7種可變剪接類型(TCGA可變剪切)

時間:2019-07-29 23:03來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
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7種可變剪接類型
在生物體內,主要存在7種可變剪接類型:
1) ES:Exon skip;
2) RI:Retained intron;
3) AD:Alternate Donor site;
4) AA:Alternate acceptor site;
5) AP:Alternate promoter;
6) AT:Alternate terminator;

7) ME:Mutually exclusive exons。

下圖是我們利用高通量測序數據鑒別出來的7種可變剪接。
1) ES(Exon skip)指一個外顯子從初始轉錄物上被剪切掉。如圖A所示,基因發生可變剪接形成兩種不同的轉錄本, 第1種轉錄本比第2種轉錄組本多一個外顯子,我們將這種外顯子稱為inclusive exon,inclusive exon兩側的兩個外顯子稱為constitutive exon。
2) RI(Retained intron):基因發生可變剪接形成兩種不同的轉錄本, 第2種轉錄本由retained Intron與兩側的外顯子一起形成新的外顯子。
3) AD(Alternate Donor site):基因發生可變剪接形成兩種不同的轉錄本,它們的3'端剪接位點一致但5'端剪接位點不同, 第二種轉錄本的5'端外顯子有所延長。

4) AA(Alternate acceptor site):基因發生可變剪接形成兩種不同的轉錄本,它們的5'端剪接位點一致但3'端剪接位點不同, 第二種轉錄本的3'端外顯子有所延長。
5) AP(Alternate promoter):基因的兩個轉錄本的區別在于第一個外顯子不同,這樣的可變剪接事件稱為Alternative First Exon。
6) AT(Alternate terminator):基因的兩個轉錄本的不同之處于最后一個外顯子不同,這樣的可變剪接事件稱為Alternative last exon。
7) ME(Mutually exclusive exons):基因發生可變剪接形成兩種不同的轉錄本,兩轉錄本之間相同的外顯子稱為constitutive exon, 不同的外顯子稱為inclusive exon,兩個inclusive exon不能同時存在與同一轉錄本中, 只能分別存在于不同轉錄本中。 這樣的可變剪接事件稱為Mutually Exclusive Exon。

2. TopHat原理 
A) ES(Exon skip)
轉錄本1和轉錄本2存在圖中所示的junction sites, 那么exon skipping 這種剪切形式就發生在這兩個轉錄本上。
 
B) RI(Retained intron)

1)檢測到了junction1,意味著在 Exon1和Exon2之間存在著內含子;
2)內含子的覆蓋度達到90% ;
3)測序深度,兩側深度較小外顯子的15%;
4)內含子上下5bp的邊界都能被覆蓋到;
5)序列和其它基因不重復,則可鑒定出此處存在intron retention 類型的可變剪接事件。
C) AD(Alternate Donor site)

檢測到Junction2或Junction3, 它們和Junction 1 在3'端是一樣的, 區別在于5'端的剪切位點不一樣, 那么Exon1和Exon2間存在alternative 5' splice site 類型的可變剪接事件。 
D) AA(Alternate acceptor site)

檢測到Junction2或Junction3,它們和Junction1在5'端是一樣的,區別在于3'端的剪切位點不一樣, 那么Exon1和Exon2間存在alternative 5' splice site 類型的可變剪接事件 。

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