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不做實驗的生信分析可行嗎?

時間:2017-08-22 19:16來源:原創 作者:森莘 點擊:
隨著生物測序的發展,生物數據越來越龐大,實驗成本越來越高,對于普通的學生,或者是醫務工作這,最佳研究思路就是結合實踐或者專業知識,分析現有的數據庫,也可以結合自用
隨著各大數據庫開放,比如TCGA數據庫,SEER數據庫,GEO芯片數據庫,這些數據庫的數據不僅具有代表性,而且是科研比較權威的數據,如果我們需要“出海”,不一定要自己造一艘船。如果我們的科研目標不是跨時代,或者根本沒有科研經費,那么就面臨一個選擇,如果選擇做實驗,高額的費用當然是前提,這還需要得到好的結果,如果實驗失敗,一切都要從頭再來。
當前比較有誘惑的幾句話:"不做實驗照樣發論文",“給個基因就可以出論文”,“給個關鍵詞就可以出論文”,你是嗤之以鼻呢?還是異常激動呢?也許博士5年,3年的實驗都沒有讓你發表到論文,你想抓住這最后一根稻草,也許研究生馬上要畢業,可是實驗失敗了,看到這樣的標語,你心動了嗎?
生信數據分析
其實很多人已經得到了結果,早些年的GEO,試下熱門的TCGA,都是很多期刊雜志喜歡的,你需要做的不是相信哪些不切實際的廣告,你要做的是踏踏實實的做分析。GEO當然當很多學生獲得了高分的畢業論文,TCGA更是給了很多學生和醫生在高分期刊發文的機會,這些都是有前提的,你得知道如何分析,其他人已經做過哪些分析,自己如何結合現有資料做數據庫分析。
不要抱有不切實際得幻想,放下浮躁的心,好好學習一下,至少你得把選擇的數據庫搞明白,精讀幾篇別人的論文,這樣列個提綱,分析數據,作圖,寫論文,修改論文,到最后發表。
當前比較流行得數據庫,GEO芯片數據庫,是前幾年的救世主,讓多少人脫離苦海,如果選擇這個數據庫,你得做比較深入得分析,太簡單得分析,估計最后得結果會讓你失望。TCGA數據庫,是當前最熱門,也是對醫學實踐已經產生推動作用得數據庫,比如對乳腺癌得研究,已經運用到了實踐,這樣得研究是驚人的,還沒有哪個生信分析像TCGA分析一樣如此精確,可以結合表達量和臨床,既可以刪選基因,有可以做生存曲線,這個在癌癥治療和預測是非常有用的。TCGA數據庫的數據分類和數據體量都非常大,可以選擇的癌癥類型多,所以可以出非常多高分論文。這里可以簡單介紹下我們的了:生信自學是國內最早發布TCGA數據庫分析代碼,這些代碼都是不簡單的,當初TCGA剛在國內興起,很多學員都咨詢TCGA的問題,我們的團隊也是在解答問題中不斷摸索分析思路,不斷下載數據,整理數據,然后提取數據,經過半年的代碼磨合,終于使用與TCGA所有癌癥,發布課程一年來,得到廣大學員的一直認同,是TCGA數據庫入門的首選。
TCGA數據庫
關鍵時刻你得靠速度,當前我們得分析已經深入到COX分析和ceRNA網絡構建,這兩個課程得推出,會將TCGA數據庫分析推向一個新的高度,在這樣得分析背景下,如果你還沒有激動,還在考慮購買這幾門課程是投資還是消費,那么很多人都在偷笑,33種癌癥得資源是非常寶貴得,如果自己不是分析大咖,你得速度就決定了自己論文的地位,是被引用還是被拒絕,你得心中做衡量。
熱圖
可以和GEO、TCGA數據庫相提并論,是SEER數據庫,這個數據庫在癌癥分析也有相對的地位,絕大部分臨床醫生都知道這個數據庫,也通過這個數據庫發表過文章,這個數據庫是分析癌癥的,但和TCGA數據庫有些不同,因為SEER數據庫只用臨床數據,臨床數據非常完整,包含的字段多,全,而且有多原發,是臨床分析最佳選擇,如果你是一線臨床醫生,這個數據庫是不二之選。
我們不相信太浮夸的事情,因為我們的團隊都是默默耕耘的80后,再好的數據庫,也得跨出第一步,你準備好了嗎?

責任編輯:樂偉
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