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TCGA數據庫數據類型速查

時間:2017-08-23 22:47來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
TCGA數據庫包括mRNA表達數據、microRNA表達數據、拷貝數數據、蛋白質數據、基因突變數據以及甲基化數據
不得不承認,TCGA數據庫后臺工作人員嚴謹的態度,和專業的數據分類和管理能力,在這方面國內的大數據發展和生物信息學數據庫建立可以學習這種數據管理模式,以及數據共享的分享態度。
TCGA數據官方網站上的數據有獨特的數據分類體系,其將數據分成不同的數據類型和不同的數據水平。數據類型在TCGA數據管理模式中,各個研究團隊通過Agilent、Illumina、RNAseq等平臺獲得mRNA表達數據、microRNA表達數據、拷貝數數據、蛋白質數據、基因突變數據以及甲基化數據,同時收集癌癥患者的臨床數據,主要報告基本資料、治療進程、臨床分期和生存狀況。
TCGA數據庫數據分類

Agilent、Illumina、RNAseq等平臺都可以測得上述多種類的數據(數據類型),包括樣本基因組中的基因突變(插入/缺失)、DNA拷貝數、mRNA表達、microRNA表達、蛋白質表達和DNA甲基化數據。TCGA研究團隊同時還獲得了一些與癌癥組織配對(matched)和不配對(un?matched)的正常組織樣本的mRNA表達數據、microRNA表達數據、DNA拷貝數數據或者甲基化數據。
數據分類詳情
有了臨床數據,研究者可以統計相關癌癥的臨床信息,做患者的生存分析。有正常組織樣本和癌癥樣本對照的表達數據,研究者可以做差異分析,得到差異的mRNA、miRNA以及差異的甲基化位點,為尋找癌癥的差異表達基因,探尋癌癥藥物,提供數據基礎。這也與TCGA的目標和夢想是一致的。

責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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