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TCGA數據庫基因表達差異和生存分析(生存曲線SC

時間:2017-12-31 15:15來源:原創 作者:森莘 點擊:
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主要內容如下:
1. 從TCGA數據庫下載轉錄組FPKM數據,lncRNA數據,miRNA數據,以及臨床數據。
2. 數據整理,并且加上gene type。
3. 提取客戶指定基因的生存數據(也可以某種癌癥全部基因的生存分析)。
4. 下載臨床數據,并將客戶指定基因和生存數據合并。
5. 差異分析,繪制柱狀圖和散點圖。
6. 生存分析,繪制生存曲線并計算高低組五年生存率(文章中必須要要有五年生存率)。
圖1:TCGA單個基因表達量散點圖
FPKM散點圖
圖2:TCGA單個基因生存曲線
TCGA數據庫單個基因生存曲線




責任編輯:樂偉
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