知識的價值不在于占有,而在于使用。

生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

當前位置: 主頁 > 免費視頻 >

cBioPortal視頻教程

時間:2017-08-16 10:03來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
cBioPortal 網站整合了126個腫瘤基因組研究的數據,包括TCGA和ICGC等大型的腫瘤研究項目,涵蓋了兩萬八千例標本的數據,此外部分樣品還包括了臨床預后等表型的信息。cBioPortal無需注冊就
•網址: www.cbioportal.org/
•cBioPortal 網站整合了126個腫瘤基因組研究的數據,包括TCGA和ICGC等大型的腫瘤研究項目,涵蓋了兩萬八千例標本的數據,此外部分樣品還包括了臨床預后等表型的信息。cBioPortal無需注冊就能直接使用,而且提供一些小工具方便用戶生成文章級別的圖表,非常貼近用戶的需求。
研究背景

•隨著芯片和高通量測序技術的廣泛應用,在腫瘤研究領域積累了越來越多的基因組學數據,特別是像The Cancer Genome Atlas(TCGA)、International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型腫瘤基因組測序計劃的啟動和完成,積累了大量的基因組學數據,這些數據至今為止已經占據了NCBI等公共數據庫的半壁江山,同時也產生了各種各樣的數據庫以滿足不同的研究需求。  
•對數據庫的靈活運用已經成為科研工作者所必須掌握的基本技能,對于這些數據庫,數量非常多,很多人都在問有沒有一個數據庫能一次得到多個結果,學習腫瘤基因組學數據庫的利器:cBioPortal 網站。

分析案例

•癌癥類型:LUAD
•基因:BRCA1 SOX9 TNK2 CDH1 BCL2
•分析數據:
Ø變異情況
Ø變異對下游基因的影響
Ø變異對生存和預后的影響


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
加生信自學網群
BioWolf二維碼生成器
頂一下
(7)
77.8%
踩一下
(2)
22.2%
------分隔線----------------------------
發表評論
請自覺遵守互聯網相關的政策法規,嚴禁發布色情、暴力、反動的言論。
評價:
表情:
用戶名: 驗證碼:點擊我更換圖片
TCGA腫瘤微環境
推薦內容
單基因發文套路
m6A