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KEGG富集分析視頻教程

時間:2017-08-16 09:58來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
差異基因富集,可以做GO和KEGG,用KOBAS3.0做KEGG富集分析是比較常見的,那么把gene symbol轉換成KOBAS3.0可識別的ID也是非常重要的。
GO和KEGG這對歡喜冤家,一般是同時出現在不同場所的,雖然包裝后,他們的外裝差別很大,但是它們所關注的核心是類似的。很多在線工具可以對差異基因做GO和KEGG分析,也有些網站可以對單個的基因做GO或KEGG分析。
雖然DAVID6.8可以同時進行GO和KEGG富集分析,但是做KEGG分析,相比KOBAS3.0,DAVID6.8就顯得有點LOW了,同樣是通路圖,KEGG的效果圖是賞心悅目的,可能是各大網站的側重點不同,所以做KEGG富集,我們首選KOBAS3.0,念著這個數據庫,我還以為是“扛把子”,所以說這個數據庫不簡單,一看就是有實力的。
對于輸入文件,KOBAS是頂牛的,準備打鉤的時候,發現沒有gene symbol,這可是怎么回事,基因ID有點混亂了,各大數據庫都有自己的ID,這事得從生物信息的鼻祖沃森時代講起,那個年代,誰會想到這生物學發展如此之快,人類基因圖譜進展如此之快,真是從0到1要上億年,從1到上億不用一年啊。從此gene symbol的命名就越來越看不懂了,估計是介于gene symbol命名不規范,所以KOBAS決定放棄用這種ID來檢索了。
既然是這樣,我們就得把ID轉換成KOBAS會識別的ID,不要茫然,用心了,很多分析都很簡單。我們不外乎兩種人,一種是拿錢買別人的時間,一種是拿時間來換錢,如果還沒有那個實力,那就收起那顆浮躁的心吧。



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責任編輯:樂偉
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