QQ登錄

只需一步,快速開始

使用微信賬號登錄

查看: 2490|回復: 2
打印 上一主題 下一主題

3到11分文章解讀(腫瘤免疫浸潤挖掘方向)

  [復制鏈接]

該用戶從未簽到

24

主題

35

帖子

217

積分

管理員

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

積分
217
樓主
跳轉到指定樓層
發表于 2019-2-17 11:32:56 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
3到11分文章解讀(腫瘤免疫浸潤挖掘方向)                                            --生信自學網光俊免疫浸潤是一個非常經典的思路,通過簡單的基因矩陣數據,我們將復雜實驗才能提取的免疫細胞含量直接計算出來,對科研工作非常有幫助。今天我們來講講,通過腫瘤免疫浸潤分析,可以發表什么樣的文章。免疫浸潤是2019年研究的熱點,通過geo或者TCGA分析,可以很容易的發表相應的文章,就目前來看,如果發免疫浸潤挖掘方面的文章,3分都是比較低的。我們先看看一個3分的文章,題目是”Profiles of immune infiltration in colorectal cancer and their clinicalsignificant: A gene expression- based study”。這個文章用到了GEOTCGA的數據,下載好了數據以后,對數據進行整理,然后用CIBERSORT軟件進行分析,得到免疫細胞免疫細胞含量矩陣。這個思路和我們生信自學網的思路是一樣的,通過CIBERSORT的反卷積算法得到免疫細胞免疫細胞含量矩陣。



接下來的圖形,也跟生信自學網的視頻很相似,得到經典的柱狀圖,熱圖,相關性熱圖、生存曲線,以及和臨床的相關性圖。





我們再看一篇4分的文章,文章名字是” Deviations of the immune cell landscape betweenhealthy liver and hepatocellular carcinoma”,也是比較經典的套路。這個文章數據來自GEO數據庫,由于GEO臨床數據相對于TCGA少很多,所以這個文章圖表相對來說少很多。對于GEO數據庫的免疫浸潤視頻,需求的學員也比較多,生信自學網近期也在考慮錄制的。下載好了GEO數據后,我們第一步當然是對數據進行多芯片批次矯正,也就是batch normalize,這個我們生信自學網也有相應的是視頻。得到矯正后的矯正后,我們同樣使用CIBERSORT的反卷積算法得到免疫細胞免疫細胞含量矩陣。得到了矩陣后,后面我們就是做組間的差異表達了。




接下來,我們分享下一篇11分的文章,文章名字是”Patterns of Immune Infiltration in Breast Cancerand Their Clinical Implications: A Gene-Expression-Based Retrospective Study”。這個文章的最主要思路,和視頻的思路是一樣的,運用 CIBERSORT的反卷積算法得到免疫細胞免疫細胞含量矩陣。                              這個文章也有他獨特的優勢,同時運用了幾個常用數據進行聯合分析,這也是處理數據最難的部分。作者首先從http://compbio.dfci.harvard.edu/pubs/sbtpaper/下載乳腺癌分型數據,然后通過TCGA、GEO、METABRIC數據,得到各個公共數據庫的乳腺癌分型樣品。接下來,通過一系列過濾標準,比如生存信息不完整的數據,得到符合標準的數據。這些數據,經過CIBERSORT處理,就得到了免疫細胞矩陣。得到矩陣后,后面就是和生信自學網視頻類似的分析,比如柱狀圖,生存圖,和臨床的相關性分析。所以要發高分文章,關鍵還是要樣品大,數據庫完全。



本帖子中包含更多資源

您需要 登錄 才可以下載或查看,沒有帳號?立即注冊

x
分享到:
回復

使用道具 舉報

該用戶從未簽到

0

主題

1

帖子

10

積分

新手上路

Rank: 1

積分
10
沙發
發表于 2019-2-24 11:47:24 | 只看該作者
生信自學課堂
嗯,不錯的發文套路,光俊老師威武
回復 支持 反對

使用道具 舉報

該用戶從未簽到

24

主題

35

帖子

217

積分

管理員

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

積分
217
板凳
 樓主| 發表于 2019-3-2 22:56:15 | 只看該作者
生信自學課堂
流浪fish 發表于 2019-2-24 11:47
嗯,不錯的發文套路,光俊老師威武

謝謝您,多交流哈
回復 支持 反對

使用道具 舉報

您需要登錄后才可以回帖 登錄 | 立即注冊

本版積分規則

客服熱線
18520221056(微信) 周一至周日:09:00 - 22:00
公司官網:http://www.hbnisg.live

速科生物是一家融生信創新、設計、技術開發、服務為核心的生物公司,生信自學網專注于生信培訓周邊課程開發和代碼設計,堅持為客戶打造高品質的精品課程和培訓服務。

Powered by 生信自學網 © 2016-2019 江西速科生物

QQ|生信自學論壇 ( 贛ICP備19001400號-1 )

GMT+8, 2019-9-28 21:36 , Processed in 0.154643 second(s), 25 queries .

快速回復 返回頂部 返回列表
12134期6场半全场