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TCGA數據庫ATAC-seq挖掘代碼分享

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發表于 2019-3-3 12:28:23 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
TCGA數據庫ATAC-seq挖掘代碼分享
--生信自學網光俊
在上個小節里面,生信自學網給大家分享了TCGA數據庫ATAC數據可以得到的圖表,這小節課,生信自學網帶領大家下載數據和畫圖。
從ATAC-seq數據出發,我們可以繪制各種漂亮的圖形,比如染色體覆蓋度圖、基因組特征圖、Upset圖、熱圖、TSS距離分布。除了圖形以后,我們可以做ATAC-seq數據Peak的GO和KEGG富集分析,以及motif查找。其次,我們可以將ATAC-seq數據和其他組學進行聯合分析,比如和轉錄組進行聯合分析。通過聯合分析,我們可以找到調節特定基因的可能的區域。這小節課,生信自學網帶領大家分享下數據的下載和畫圖代碼。如果大家不想自己整理數據和腳本,也可以到生信自學網購買。
首先,我們從TCGA官網下載ATAC-seq數據,下載界面如下。我們可以選擇紅色部分,可以下載raw count,也可以下載normalize count。下載了數據的話,我們就可以得到每個腫瘤的ATAC數據矩陣。
1.    下載好后,我們就可以畫覆蓋度圖了,使用的包是karyoploteR,需要詳細介紹,大家可以看看生信自學網的另外一個帖子”線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR”。下面我們看看覆蓋度的腳本,腳本和腳本得到的圖形如下:
2. 染色體特征圖繪制,主要包括三種圖形:柱狀圖,餅圖,venn餅圖,代碼和效果圖如下:
3.    接下來,我們要看看Upset圖,大家可以把他當作venn圖,但是如果集合大于5個的時候,venn就不大好用了,這個時候,我們就可以選擇Upset圖代替venn圖了。
4.    接下來,我們看看熱圖繪制和TSS分布圖。
5.    接著,我們看看怎么做GO和KEGG富集分析。
6.    接下來,我們看下怎么得到motif圖。
7.    最后,我們可以將ATAC數據和mRNA表格數據進行聯合分析,得到聯合分析結果,代碼和圖形如下:

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沙發
發表于 2019-3-7 11:34:16 | 只看該作者
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peak.bed在哪里?下載的數據里沒有看到
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 樓主| 發表于 2019-3-12 19:55:05 | 只看該作者
生信自學課堂
聰_aLJEf 發表于 2019-3-7 11:34
peak.bed在哪里?下載的數據里沒有看到

可以從下載的文件里面提取的
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