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ICGC數據庫SNP突變數據挖掘

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發表于 2019-5-29 21:43:51 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
ICGC數據庫SNP突變數據挖掘
--生信自學網光俊
      ICGC這個作為TCGA的孿生數據庫,在文章中經常和TCGA同時出現,相互驗證。不久前,我們生信自學網錄制了ICGC表達數據挖掘的視頻,可以和TCGA的差異分析、生存分析、生存模型相互驗證。
      今天,生信自學網為介紹ICGC數據的突變數據分析套路。首先,我們從ICGC下載突變數據,對數據進行整理,得到突變矩陣并繪制瀑布圖。接下來,我們通過生存分析,找出與想生存顯著相關的突變。最后,生信自學網給大家介紹熱門的腫瘤突變負荷分析,得到每個樣品的TMB值,并分析TMB值和生存之間的關系。
       ICGC(International Cancer Genome Consortium,國際腫瘤基因組協作組),主要目標是全面闡明導致全球人類疾病負擔的多種癌癥中存在的基因組變化。ICGC收集了50種不同癌癥類型(或亞型)的腫瘤數據,其中包括基因異常表達,體細胞突變,表觀遺傳修飾,臨床數據等。ICGC包括亞洲、澳大利亞、歐洲、北美和南美17個行政區的89個項目,包括25,000個腫瘤基因組。  


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