QQ登錄

只需一步,快速開始

使用微信賬號登錄

查看: 7062|回復: 1
打印 上一主題 下一主題

Gene ID的轉換

  [復制鏈接]

該用戶從未簽到

4

主題

11

帖子

48

積分

新手上路

Rank: 1

積分
48
樓主
跳轉到指定樓層
發表于 2017-9-12 05:52:59 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂

事實上很多時候都需要做基因ID的轉換,與其依托于別人的工具不如自己動手,由于研究發表的滯后性,往往很多工具提供的轉換并不是最新的,理解轉換原理才能讓你來去自如

今天主要記錄幾個ID轉換的方式:

1、從NCBI下載基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ ... apiens.gene_info.gz

從中可以看到很詳細的各種基因信息

2、從NCBI下載基因與其他ID轉換的信息:

一、轉refseq:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz

二、轉ENSG:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2ensembl.gz#TCGA小工具ENSG轉換由此而來

三、轉uniprot:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

四、轉unigene:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene

五、基因與GO的對應關系:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz

3、使用ID_Mapping:http://www.uniprot.org/uploadlists/

4、提取lncRNA的看這里:https://www.shengxin.ren/question/23

以上是數據原始信息,可以根據以上信息提取整理,應付各種常見的基因ID轉換基本沒啥問題了。



本帖子中包含更多資源

您需要 登錄 才可以下載或查看,沒有帳號?立即注冊

x
分享到:
回復

使用道具 舉報

該用戶從未簽到

0

主題

2

帖子

6

積分

新手上路

Rank: 1

積分
6
沙發
發表于 2017-9-21 10:04:53 | 只看該作者
生信自學課堂
簡單實用,就是不知道哪個命名是最權威的?
回復 支持 反對

使用道具 舉報

您需要登錄后才可以回帖 登錄 | 立即注冊

本版積分規則

客服熱線
18520221056(微信) 周一至周日:09:00 - 22:00
公司官網:http://www.hbnisg.live

速科生物是一家融生信創新、設計、技術開發、服務為核心的生物公司,生信自學網專注于生信培訓周邊課程開發和代碼設計,堅持為客戶打造高品質的精品課程和培訓服務。

Powered by 生信自學網 © 2016-2019 江西速科生物

QQ|生信自學論壇 ( 贛ICP備19001400號-1 )

GMT+8, 2019-11-24 03:14 , Processed in 0.214723 second(s), 39 queries .

快速回復 返回頂部 返回列表
12134期6场半全场