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TARGET兒童腫瘤數據庫下載臨床和mRNA-seq數據

時間:2019-07-30 07:14來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
TARGET數據庫是兒童腫瘤數據庫,適合做兒童腫瘤分析和挖掘,對TCGA數據庫做了很好的補充,而且針對性更強。
TARGET數據庫是兒童腫瘤數據庫,適合做兒童腫瘤分析和挖掘,對TCGA數據庫做了很好的補充,而且針對性更強。

1、首頁在瀏覽器輸入TARGET的官網網址:https://ocg.cancer.gov/programs/target
找到菜單“DATA ACCESS”——"ACCESS TARGET DATA MATRIX”,進入數據下載頁面

TARGET數據庫挖掘,生信自學網為大家準備了兩個經典課程:
《TARGET兒童腫瘤數據庫挖掘》
《TARGET數據庫甲基化驅動基因分析》

2、進入數據頁面,可以根據研究方向,下載兒童腫瘤的數據,比如我們這里選擇“AML”作為研究對象,我們可以看到,由這些數據,大家可以根據分析下載,這里我們下載臨床和mRNA-seq數據作為研究數據。

Clinical File:臨床數據
Affymetrix Gene ST:芯片數據
Affymetrix SNP 6.0:SNP芯片數據(CNV)
IIIumina Infunium 27k:甲基化
miRNA-seq:miRNA測序
Whole Genome:全基因組數據
Whole Exome:全外顯子數據
mRNA-seq:mRNA-seq數據
Targeted Resequencing:TARGET數據庫自行檢測的數據
 
3、找到選項:“mRNA-seq”——“DCC Open”

進入下級頁面,選擇“L3”
接下來,選擇“expresion”——“BCCA”

進入結果頁面,我們需要下載所有這些數據,可以右鍵一個一個保存,如果數據比較多的話,需要耗費很多時間,所以需要利用ftp方法下載到本地。

復制當前網頁的網址,然后打開一個文件夾,在文件夾目錄欄把網址黏貼進入,就可以自動顯示剛才所有的文件,然后把所有文件復制到本地文件夾就可以實現下載了。
 
4、打開臨床數據選項:“Clinical File”,臨床數據文件不多,下載比較簡單,直接右鍵,另存為就可以下載臨床數據文件。

當然下載臨床數據也可以通過fpt的方法下載

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責任編輯:樂偉
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